W wyborach w 1992 HZDS uzyskał 74 miejsca w 150-osobowym parlamencie. 24 czerwca 1992 Vladimír Mečiar po raz drugi został premierem. Prowadził negocjacje z czeskim premierem Václavem Klausem dotyczące przyszłości Czeskiej i Słowackiej Republiki Federalnej. Ostatecznie wobec różnicy poglądów zdecydowano o podziale państwa, do czego doszło z końcem roku. Od 1 stycznia 1993 kontynuował pracę na stanowisku premiera, kierując pierwszym rządem niepodległej Słowacji. Wykonywał jednocześnie obowiązki prezydenta do 2 marca 1993, kiedy urząd ten objął wybrany przez Radę Narodową Michal Kováč. Wkrótce utracił większość w parlamencie, po czym włączył w skład rządu przedstawicieli Słowackiej Partii Narodowej. Ostatecznie po rozłamach w HZDS 16 marca 1994 został zastąpiony przez Jozefa Moravčíka. Ruch na rzecz Demokratycznej Słowacji zwyciężył w wyborach parlamentarnych w tym samym roku. 13 grudnia 1994 Vladimír Mečiar powrócił na stanowisko premiera, tworząc swój kolejny gabinet. W jego skład weszli również przedstawiciele narodowców i postkomunistycznego Zrzeszenia Robotników Słowacji.