Jako premier przez opozycję i przedstawicieli Europy Zachodniej był oskarżany o autokratyczny styl rządów, nieszanowanie reguł demokracji i korupcję. Zarzucano mu wykorzystywanie służb specjalnych do zwalczania opozycji politycznej i naruszanie wolności prasy. Nastąpiło zahamowanie negocjacji akcesyjnych dotyczących członkostwa Słowacji w NATO i Unii Europejskiej. Za jego rządów doszło też do napięć w stosunkach z Węgrami. W marcu 1995 doszło do podpisania traktatu o stosunkach dobrosąsiedzkich i przyjaznej współpracy, w którym Węgry uznały nienaruszalność granicy ze Słowacją, jednak w listopadzie tego samego roku Rada Narodowa przyjęła ustawę językową nadającą językowi słowackiemu status jedynego języka urzędowego. Protesty węgierskiego rządu wzbudziła również publicznie zaprezentowana przez gabinet Vladimíra Mečiara koncepcja przesiedleń mieszkającej w południowej części Słowacji mniejszości węgierskiej. Lider HZDS popadł także w długotrwały konflikt polityczny z prezydentem. Przybrał on na sile w szczególności w 1995, gdy syn Michala Kováča, podejrzewany w Niemczech o przestępstwa finansowe, został porwany i wywieziony do Austrii. Według prezydenta mieli tego dokonać agenci służby wywiadowczej SIS z inspiracji Vladimíra Mečiara.