Od 2 marca 1998 do 30 października 1998 ponownie wykonywał obowiązki prezydenta, gdyż Rada Narodowa nie była w stanie dokonać wyboru na to stanowisko. W tym czasie ogłosił amnestię dla osób podejrzewanych w sprawie porwania syna Michala Kováča. W 1998 HZDS wygrało wybory parlamentarne, ale nie zdołało utworzyć koalicji. 30 października tegoż roku nowym premierem został Mikuláš Dzurinda.
W 1999 Vladimír Mečiar kandydował po raz pierwszy w wyborach prezydenckich. W pierwszej turze głosowania otrzymał 37,2% głosów, w drugiej z wynikiem 42,8% głosów przegrał z Rudolfem Schusterem. W jego partii zaczęło dochodzić do rozłamów, w 2002 Ivan Gašparovič założył Ruch dla Demokracji. W tym samym roku HZDS również uzyskał najwięcej mandatów w Radzie Narodowej, ponownie nie był w stanie utworzyć większościowej koalicji. W 2004 Vladimír Mečiar ponownie kandydował w wyborach prezydenckich. Wygrał pierwszą turę głosowania z wynikiem 32,7% głosów. W drugiej pokonał go jednak Ivan Gašparovič, którego poparło wówczas 59,9% głosujących. W 2010 jego partia po raz pierwszy w historii nie przekroczyła wyborczego progu, w konsekwencji Vladimír Mečiar znalazł się poza parlamentem.