W lutym 1930 roku w Gimnazjum Polskim odbyły się pisemne egzaminy maturalne, a 1 marca 1930 roku, po egzaminach ustnych, Komisja pod kierunkiem dyrektora Jana Augustyńskiego przyznała 4 abiturientkom i 9 abiturientom, wśród których był Henryk Kotowski, świadectwa dojrzałości.
Po ukończeniu gimnazjum Henryk Kotowski rozpoczął 1 października 1930 roku studia na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Poznańskiego, które ukończył, otrzymując 18 czerwca 1936 roku dyplom lekarzaArchiwum Uniwersytetu Medycznego w Poznaniu..
Praca w szpitalu w Gdyni 1 lipca 1936 roku Henryk Kotowski rozpoczął pracę jako lekarz-stażysta w Szpitalu Sióstr Miłosierdzia św. Wincentego a Paulo w Gdyni. Pod kierunkiem dra Jerzego Krzyżanowskiego zdobywał doświadczenie na oddziale ginekologicznym, przyjmując w ciągu 3 lat około 2500 porodów. Mieszkając w szpitalu i pełniąc dyżury, interweniował w nagłych przypadkach chorób wewnętrznych, a także przeprowadzał operacje chirurgiczne i ortopedyczne. W roku 1938 Henryk Kotowski uczestniczył w międzynarodowym kursie dokształcającym dla chirurgów, zorganizowanym przez Berliner Akademie für Ärztliche Fortbildung w chirurgicznej klinice uniwersyteckiej CharitéAkta personalne, Henryk Kotowski, Archiwum Muzeum Kaszubskiego w Kartuzach, sygn. Z. 184..