Kontynuował również naukę na Uniwersytecie Poznańskim, gdzie 19 maja 1939 roku ukończył studia doktoranckie, uzyskując tytuł doktora medycyny. W trakcie pracy w szpitalu w Gdyni poznał Martę Skwiercz, którą poślubił 18 października 1941 roku i z którą doczekał się pięciorga dzieci.
Okupacja 1 września 1939 roku, w dniu wybuchu II wojny światowej, z rozkazu szefa sanitarnego Floty kmdra por. dra Adama Uniszowskiego do Szpitala Sióstr Miłosierdzia św. Wincentego a Paulo w Gdyni przybył chirurg-ortopeda mjr rez. dr Henryk Cetkowski oraz otolaryngolog dr Tadeusz Gerwel. Ich zadaniem było opróżnienie z chorych cywilów nowego pawilonu szpitala i przekształcenie go w filię Szpitala Morskiego Nr 1. Dr Henryk Cetkowski został komendantem filii, a dr Tadeusz Gerwel jego zastępcą. Lekarze cywilni zostali zmobilizowani i podporządkowani komendzie szpitala, w którym utworzono cztery zespoły operacyjne. Doktorowi Henrykowi Kotowskiemu przypadło kierowanie trzecim zespołem operacyjnym.