We wrześniu wyjechał do Londynu, gdzie zawarł porozumienie z redaktorami rosyjskiego „Kołokoła”.

Po wybuchu powstania styczniowego podał się do dymisji z KCN, uważając, że jest to działanie przedwczesne i sprowokowane przez Rosjan. Wkrótce jednak wszedł w skład Komisji Wykonawczej – rządu powstańczego. Przeszedł jawnie na stronę białych, 24 lutego powrócił do KCN i forsował oddanie dyktatury Marianowi Langiewiczowi. Po tragicznej śmierci Stefana Bobrowskiego został najbardziej wpływowym członkiem Rządu Narodowego. Redagował wówczas liczne pisma powstańcze: „Strażnica”, „Ruch” i „Wiadomości pola bitwy”. Spod jego ręki wyszła Odezwa do obywateli zaborów pruskiego i austriackiego oraz Instrukcja dla agentów Rządu Narodowego za granicą.

Po otrzymaniu anonimowego wyroku śmierci odsunął się od pracy rządowej. Po upadku powstania przebywał m.in. w Saksonii i w Szwajcarii. W 1864 został skazany zaocznie w Lipsku na 4 lata więzienia za wydawanie tam nielegalnego pisma „Ojczyzna”. W 1867 osiadł w Paryżu. Współorganizował Legion Polski w Turcji.