Dla podratowania zdrowia latem 1870 r. przebywał na kuracji w Szczawnicy, zaś następnie spędził dłuższy czas w uzdrowisku w węgierskich wówczas Trenczyńskich Cieplicach. Samo uzdrowisko oraz zwiedzone przy okazji tereny dzisiejszej południowo-zachodniej Słowacji opisał później w wydanej w 1876 r. we Lwowie książce pt. „Z podróży po kraju słowackim”.
Współtworzył Muzeum Narodowe Polskie w Raperswilu. W 1880 był jednym z inicjatorów powołania Związku Narodowego Polskiego w USA.
Zmarł na zapalenie płuc 18 lipca 1887. 20 lipca 1887 odbył się jego uroczysty pogrzeb na cmentarzu Sapieżyńskim w Stanisławowie. Tam w 1907 został odsłonięty pomnik, autorstwa Tomasza Dykasa, przed którym w lipcu każdego roku miejscowa młodzież oddawała hołd Gillerowi. W wyniku zniszczenia cmentarza w okresie Ukraińskiej SRR jego prochy zostały w 1981 sprowadzone do Warszawy i złożone na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 13-6-27).
W 1937 została wydana publikacja Agaton Giller w świetle akt państw zaborczych. W 50 rocznicę śmierci, której autorem był ppłk Zygmunt ZygmuntowiczAgaton Giller w świetle akt państw zaborczych.