W październiku 1911 r., na prośbę arcybiskupa Arseniusza, który rok wcześniej objął katedrę nowogrodzką, archimandryta Aleksy został przeniesiony do tejże eparchii w charakterze inspektora seminarium duchownego w Nowogrodzie oraz przełożonego monasteru św. Antoniego Rzymianina w tym samym mieście. Opracował żywot patrona monasteru oraz uporządkował wewnętrzne życie wspólnoty. W okresach, gdy arcybiskup Arseniusz przebywał w Petersburgu, archimandryta Aleksy faktycznie nadzorował całą działalność eparchii nowogrodzkiej.
Biskup Biskup pomocniczy eparchii nowogrodzkiej 28 marca 1913 r. Synod Rządzący nominował archimandrytę Aleksego do przyjęcia chirotonii biskupiej z tytułem biskupa tichwińskiego, wikariusza eparchii nowogrodzkiej. Ceremonia odbyła się 28 kwietnia tego samego roku w soborze Mądrości Bożej w Nowogrodzie. W charakterze konsekratorów wzięli w niej udział patriarcha antiocheński Grzegorz IV (goszczący z wizytą w Rosji), arcybiskup nowogrodzki Arseniusz (Stadnicki) oraz biskupi Nikon (Rożdiestwienski), Euzebiusz (Grozdow), Joannicjusz (Djaczkow) oraz Beniamin (Kazanski).