Planowanie operacji Gdy tylko Yousef przybył do Manili, wraz z innymi osobami tworzącymi komórki w Manili rozpoczął pracę nad produkcją bomb. Yousef pojawił się Singapurze z Shahem wcześniej, jesienią 1994 roku. Obaj otrzymali wizy filipińskie w Singapurze. mały|Filipiny, baza operacyjna dla Bojinki Yousef opuścił Manilę na kilka dni, ale po powrocie spotkał się z wysłannikami islamistów. Poprosili go zaatakowanie prezydenta Stanów Zjednoczonych Billa Clintona, który miał przybyć na Filipiny 12 listopada 1994 roku w ramach pięciodniowej podróży po Azji. Yousef wymyślił kilka sposobów na zabicie prezydenta, w tym umieszczenie bomb na trasie przejazdu Clintona, wystrzelenie pocisku FIM-92 Stinger w Air Force One lub prezydencką limuzynę, wystrzelenie pocisków balistycznych na Manilę lub zabicie go za pomocą broni chemicznej z fosgenem. Porzucił ten pomysł, ponieważ zabicie prezydenta byłoby zbyt trudne. Włączył jednak swój plan zabicia papieża do operacji Bojinka.