W okresie III Rzeszy w 1944 nosił nazwę „Zantoch”.
Miejscowość w zlatynizowanej formie Zutok odnotował Gall Anonim w swojej Kronice polskiej spisanej w latach 1112–1116 opisując miejscowość jako strażnica i klucz do królestwa (Zutok regni custodiam et clavem), co zostało uwidocznione w herbie miejscowości.
Nazwa wsi nawiązuje do położenia – staropolski sątok oznacza spływ rzek, w tym przypadku Noteci i Warty. W roku 1154 arabski geograf Al-Idrisi w swoim dziele pt. Księga Rogera zamieścił nazwę S(i)tnu (identyfikowaną przez historyków z Santokiem lub Szczecinem) pośród innych ważnych polskich miast: Krakowa, Gniezna, Sieradza, Wrocławia oraz Łęczycy.
Miejscowość pod nazwą Sanctog zanotowana była po łacinie w dokumencie Przemysła I z 1250 roku wydanym w Gnieźnie. W kolejnym dokumencie z 1256 roku sygnowanym przez tego księcia miejscowość zanotowana została pod obecnie stosowaną nazwą Santok.
Słownik geograficzny Królestwa Polskiego wydany w XIX wieku podaje dwie nazwy polskie miejscowości Santok oraz Sątok, a także zgermanizowaną Zantoch. Oprócz tego podaje również historyczne nazwy wynotowane z dokumentów łacińskich jak Santoc, Szantoch, Suthoc i Zutok.