W listopadzie 1926 metropolita Piotr został skazany na trzy lata zesłania w region Uralu. Karę w maju 1928 przedłużono o kolejne dwa lata. W 1930 ponownie aresztowany. Po odmowie zrzeczenia się swej nominalnej funkcji i rozpoczęcia współpracy z tajnymi służbami, został skazany na pięć lat ciężkich robót. Ciężkie warunki więzienne odbiły się niekorzystnie na jego zdrowiu, metropolita Piotr został częściowo sparaliżowany. W latach 1931–1937 przebywał w odosobnieniu w więzieniu w Wierchnieuralsku. W 1936 zdecydowano o przedłużeniu jego odosobnienia o trzy lata. W tym samym roku metropolita Sergiusz otrzymał fałszywą informację o śmierci metropolity Piotra i objął pełne zwierzchnictwo nad Rosyjskim Kościołem Prawosławnym, jako patriarszy locum tenens.
2 października 1937 metropolita Piotr został skazany na śmierć. Egzekucja przez rozstrzelanie odbyła się 10 października 1937, o godzinie 16:00. Ciało pogrzebano w Magnitogorsku.
Kanonizacja i upamiętnienie Metropolita kruticki Piotr został 23 lutego 1997 kanonizowany jako wielki męczennik i wyznawca przez Rosyjski Kościół