Polityka wobec Greków Poparcie przez Greków Cyrusa Młodszego popsuło stosunki z nowym królem Persji. Artakserkses II zażądał bowiem przywrócenia władzy perskiej nad miastami greckimi w Jonii. Sparta nie chcąc skompromitować się wśród Greków odmówiła spełnienia tego warunku, co zapoczątkowało wojnę z Persami. Konfrontacja zbrojna początkowo przebiegała korzystnie dla Sparty, której wojska skutecznie operowały w Azji Mniejszej. W momencie przegranej Persowie uciekali się w kontaktach z Grekami do wypróbowanej metody: przekupstwa złotem. Dyplomacji perskiej za pomocą pieniędzy udało się zawiązać koalicję anty-spartańską, która zmusiła Spartę do wycofania się z Azji Mniejszej. Flota Artakserksesa dowodzona przez Ateńczyka Konona w 394 p.n.e. pod Knidos pokonała flotę Sparty. Zaskoczeni koalicją i trudną sytuacją Spartanie na przełomie 387/386 p.n.e. zawarli tzw. pokój Antalkidasa, w wyniku którego Artakserkses odzyskał władzę nad greckimi miastami w Azji Mniejszej.
Za jego rządów Persja utraciła jednak w wyniku buntów władzę nad Cyprem, Egiptem i Karią w Azji Mniejszej. Fiaskiem zakończyła się też wyprawa nad Morze Kaspijskie przeciwko plemieniu Kaduzjów.