Tym razem z europejskich pucharów wyeliminowała ich włoska Parma, Rubin przegrał oba spotkania (0:1).
2 listopada 2008 roku, Rubin dzięki wyjazdowemu zwycięstwu nad Saturnem Ramienskoje (2:1) i porażce (0:1) CSKA Moskwa ze Spartakiem Moskwa został pierwszy raz w historii mistrzem Rosji. Tytuł Rubin zawdzięcza rekordowo długiej - trwającej 7 spotkań - serii wygranych (w którą wchodzi min. wygrana z Zenitem w Petersburgu 3:1), która dała Rubinom znaczną przewagę już w początkowej fazie sezonu. Tytuł mistrzowski był przepustką do rozgrywek Ligi Mistrzów 2009/10, gdzie w fazie grupowej przyszło się im mierzyć z Dynamem Kijów, Interem Mediolan i FC Barceloną. W trzeciej kolejce gier, Rubin sensacyjnie ograł na Camp Nou FC Barcelonę (2:1). Ostatecznie Rubin skompletował 6 punkt, co przełożyło się na zajęcie trzeciego miejsca w grupie umożliwiającego dalszą grę w Lidze Europy.
Rok później Rubin zdobył swoje drugie mistrzostwo kraju. Tym razem zdeklasował swoich rywali, wyprzedzając drugi Zenit Sankt Petersburg aż o 8 punktów. Klub prezentował wysoką formę również w krajowym pucharze, dochodząc do finału, który przegrał z CSKA Moskwa (0:1), tracąc decydującego gola w doliczonym czasie gry.