Czołowymi piłkarzami tego okresu był doświadczony pomocnik Sergiej Siemak, argentyński playmaker Alejandro Domínguez i sprowadzony za rekordowe 8,7 mln euro skrzydłowy Gökdeniz Karadeniz.
Sukcesy te były łabędzim śpiewem Rubinów. W 2013 roku, po dwunastu latach z klubu odszedł Berdiýew, a klub na popadł w marazm. Jego następcą został Rinat Bilaletdinow, któremu nie udało się nawiązać do sukcesów z minionych lat.
Nowym otwarciem miał być sezon 2016/17. W letnim oknie transferowym klub wydał 40 mln euro na wzmocnienia i zatrudnił hiszpańskiego trenera Javiego Gracie. W tabeli ligowej Rubin zajął rozczarowujące 9 miejsce. Nowi zawodnicy nie wnieśli oczekiwanej jakości w grze, a pieniądze wydane na ich zakup nadwyrężyły - będące już wcześniej w nędznej kondycji - klubowe finanse. Rubin złamał zasady Finansowego Fair Play, przez co w październiku 2018 został wykluczony z rozgrywek UEFA na okres dwóch lat.
19 grudnia 2019 roku, na funkcję trenera klubu został wybrany Leonid Słucki.