W sezonie 2013/2014 klub zajął czternaste miejsce w Premjer-Lidze, co skutkowało koniecznością rozegrania baraży z Torpedo Moskwa, w których lepszy okazał się zespół z Moskwy. Drużyna Krylji Sowietow spadła do Pierwszej Dywizji. Sezon 2014/15 Samarcy zakończyli na pierwszym miejscu awansując bezpośrednio do ekstraklasy. Po zajęciu piętnastego miejsca w sezonie 2016/2017 klub ponownie spadł do Pierwszej Dywizji, by sezon później wywalczyć powrót do Premjer-Ligi zajmując drugie miejsce na drugim szczeblu rozgrywkowym. W sezonie 2019/2020 klub zajął przedostatnie, piętnaste, miejsce w lidze i ponownie spadł do Pierwszej Dywizji, jednak już po jednym sezonie wrócił w szeregi rosyjskiej ekstraklasy, zdobywając mistrzostwo drugiego szczebla rozgrywek z 101 punktami po 42. kolejkach.
Europejskie puchary
SezonRozgrywkiRundaPrzeciwnikDomWyjazdOgólnie2002Puchar Intertoto2R FK Dinaburg3–01–04–03R Willem II Tilburg3–10–23–3, w.2005/06Puchar UEFA2Q BATE Borysów2–02–04–01R AZ Alkmaar5–31–36–6, w.2009/10Liga Europy3Q St.