Wedle analizy genetycznej i morfologicznej cały gatunek M. nigricans to kompleks nieopisanych jeszcze kryptycznych gatunków. Na przestrzeni lat z gatunku wydzielono nowe taksony, a niektóre podgatunki również przyjęły status gatunków. Ricardo Moratelli wraz ze współpracownikami w 2011 roku na podstawie różnic na tle genetycznym wyodrębnił 2 gatunki: 1. Myotis lavali z nocka ciemnego oraz 2. gatunek opisany w tej samej pracy – nocka brazylijskiego (M. izecksohni), wydzielonego z innego gatunku, nocka żółtawego (M. levis). Ten drugi do czasu pierwszego opisania był przeoczany – jego obserwacje były interpretowane jako pojaw właśnie M. nigricans. Jako miejsce typowe nocka zagrożonego wskazano miejsce na wysokości 523 m n.p.m., 6 km na południe od miasta Exu (współrzędne: ) w stanie Pernambuco, w Brazylii. Autorzy nazwali opisany przez siebie gatunek Myotis lavali.
Nocek zagrożony został przydzielony do podrodzaju Pizonyx (podrodzaj obejmuje przedstawicieli Myotis Nowego Świata) i grupy gatunkowej albescens. Jest gatunkiem monotypowym.