Po zajęciu Polski przez Niemców w 1939 roku s. Syksta trafiła do Warszawy. Mieszkała w klasztorze służebniczek przy ul. Nowogrodzkiej 49, w którym miał swoją siedzibę Dom Katolicki „Roma”. Została zatrudniona jako kasjerka kuchni dla dorosłych i magazynów Rady Głównej Opiekuńczej oraz księgowa Archidiecezjalnego Związku „Caritas”. Podczas okupacji siostra zajmowała się kolportażem prasy podziemnej. W latach 1942–1943, będąc księgową i wychowawczynią domu dziecka w Czersku, ukrywała siedmioro dzieci żydowskich. Od stycznia 1944 prowadziła punkt finansowy jednostki Armii Krajowej „Józio”.
Po wojnie s. Syksta pracowała we Wronkach (dom dziecka) oraz w Pleszewie (nauczycielka w prywatnej szkole szycia). Śluby wieczyste złożyła w 1945 roku. W 1946 roku ukończyła studia w Poznaniu, broniąc pracę dyplomową, pt. Studium socjologiczne wsi łowickiej Retki. W maju 1947 roku władze prowincji ponownie skierowały ją na placówkę na ul. Nowogrodzką w Warszawie. Została zatrudniona w charakterze księgowej i intendentki w Domu Akcji Katolickiej im. papieża Piusa XI. W miejscu tym spotykała się z biskupem Czesławem Kaczmarkiem, który zatrzymywał się w klasztorze podczas pobytów w stolicy w latach 40. i 50. Okoliczności zostały użyte przez władze państwowe do wmieszania s. Syskty w intrygę przeciwko bp. Kaczmarkowi.