Po aresztowaniu bp. Kaczmarka w 1951 roku, do klasztoru na Nowogrodzkiej przyjechał skarbnik kurii kieleckiej, ks. Jan Danilewicz. Siostra Syksta została poproszona o pomoc w ustaleniu miejsca uwięzienia ordynariusza kieleckiego. Ustalono, iż biskup jest więziony na Mokotowie. Po aresztowaniu ks. Danilewicza, siostra zaobserwowała, że jest śledzoną. Wypytywano też o nią pracowników Domu Akcji Katolickiej. Siostrę aresztowano 6 lutego 1952 roku na podstawie artykułu 7 Małego Kodeksu Karnego. Została osadzona w areszcie na Rakowieckiej w Warszawie.
W areszcie przebywała w trzyosobowej celi, w której panowały bardzo złe warunki. Aresztowanym nie wolno było w ciągi dnia siadać, a nocą budzono włączaniem i wyłączaniem światła. Racje żywnościowe były niewystarczające, a nawet nienadające się do spożycia. Opresja polegała również na częstych i długich przesłuchaniach, wystawianiu na mróz, lodowatych lub wrzących kąpielach. Nie poinformowano uwięzionej o śmierci jej matki. Starano się s. Sykstę złamać fizycznie i psychicznie. Jej waga spadła do 35 kg. Miała stały nieżyt żołądka i nabawiła się gośćca stawów przez spanie na gołej ziemi lub posłaniach z mokrą słomą. Siostra podpisała protokół zakończenia śledztwa pod koniec sierpnia 1953 roku.