W pierwszej połowie XV w. romańskie prezbiterium zastąpiono nowy, znacznie wyższym, w stylu stylu gotyckim. Przypuszczano, że mogło się tak stać w wyniku konfliktu klasztoru z miastem Siegburg w 1403, jednak źródła nie zawierają informacji o tak poważnych zniszczeniach – być może konieczność przebudowy wynikała ze zniszczeń powstałych w wyniku burzy w 1434. Być może planowano także przebudowę pozostałej części kościoła w stylu gotyckim, ale jej nie zrealizowano – jeszcze na nowożytnej rycinie przedstawiającej klasztor widoczna jest romańska bryła kościoła z przewyższającym ją gotyckim prezbiterium.
W tej formie kościół przetrwał do wojny trzydziestoletniej. Po jej zakończeniu, w 1649 kościół strawił pożar. Prace zrealizowano w trzeciej ćwierci XVII w. Odbudowano go w stylu barokowym, zrównując wysokość części nawowej i prezbiterium, m.in. dzięki spłaszczeniu gotyckich łuków w chórze. Kościół otrzymał nowe sklepienia i dość skromną barokową dekorację. Ponadto wykonano nowe, duże okna oraz podniesiono wieżę.
Po sekularyzacji klasztoru w 1803 i odejściu benedyktynów, wyposażenie kościelne zlicytowano, a w budynki klasztorne przeznaczono na cele świeckie (koszary i szkoła, następnie zakład psychiatryczny, wreszcie więzienie). W 1914 powrócili tu benedyktyni, ale w czasie wojen światowych klasztor pełnił funkcje szpitalne.