Niemcewicza 4/6 oraz Zakład Pompowni Kanalizacyjnych, a zakłady sieci – zamiast obecnego podziału funkcjonalnego na sieć wodociągową i kanalizacyjną – były podzielone geograficznie: Warszawa-Wschód z siedzibą przy ul. Jagiellońskiej i Warszawa-Zachód z siedzibą przy ul. Czerniakowskiej 106/114. 1 stycznia 2003 roku przedsiębiorstwo komunalne zostało przekształcone w jednoosobową spółkę akcyjną z miastem Warszawa jako jedynym akcjonariuszem.
Infrastruktura i organizacja W 2023 roku MPWiK podlegała sieć wodociągowa o długości ponad 4 400 km i kanalizacyjna o długości ok. 4 300 km.
W 2023 roku przedsiębiorstwo dzieliło się na następujące zakłady: pion wodociągów: Zakład Centralny (ul. Koszykowa 81 w Warszawie) Stacja Uzdatniania Wody „Filtry” Stacja Uzdatniania Wody „Praga” stacje uzdatniania wody „Radość”, „Falenica”, „Powsin”, „Stara Miłosna”, „Wola Grzybowska”, hydrofornie w Wesołej. Zakład Północny (ul. 600-lecia 20 w Wieliszewie) Zakład Sieci Wodociągowej (ul. Mikkego 4 w Warszawie) pion kanalizacji: Zakład „Czajka” (ul. Czajki 4/6 w Warszawie) – oczyszczalnia ścieków działająca od 1991 roku, zmodernizowana w latach 2009–2012 Zakład „Południe” (ul. Syta 190/192 w Warszawie) – oczyszczalnia ścieków działająca od 2006 roku Zakład „Dębe” (ul.