Sieć uległa częściowemu zniszczeniu w czasie oblężenia Warszawy, ale przedsiębiorstwo funkcjonowało w warunkach okupacji. W lutym 1941 roku wraz z czterema innymi najbardziej dochodowymi przedsiębiorstwami miejskimi weszło w skład grupy Przedsiębiorstw Zaopatrywania i Komunikacji, która została wyłączona spod kompetencji komisarycznego burmistrza miasta Juliana Kulskiego, podporządkowana Urzędowi Pełnomocnika Szefa Okręgu na m. Warszawę i zaczęła być nadzorowana przez Ernesta Dürrfelda.
Poważne zniszczenia sieci i infrastruktury nastąpiło pod koniec powstania warszawskiego.
22 stycznia 1951 roku przedsiębiorstwo Wodociągi i Kanalizacja przekształcono w Miejskie Przedsiębiorstwo Wodociągów i Kanalizacji w m.st. Warszawie. Miało wówczas formę przedsiębiorstwa państwowego. W 1964 roku uruchomiono ujęcie infiltracyjne pod dnem Wisły nazywane „Grubą Kaśką” i związany z nim Wodociąg Praski. Kilka lat później dwa ujęcia uzupełniające. W 1986 roku uruchomiono Zakład Wodociągu Północnego w Wieliszewie pozyskujący wodę z Jeziora Zegrzyńskiego. W 1991 roku uruchomiono pierwszą warszawską oczyszczalnię ścieków – Czajkę, która początkowo odbierała ścieki tylko z prawobrzeżnej części miasta. Do początku XXI wieku w strukturze przedsiębiorstwa działał Zakład Wodomierzy mający od 1935 roku siedzibę przy ul.