W 1857 objął katedrę tambowską i szacką; był jej ordynariuszem przez dwa lata. Od 1859 do 1868 kierował eparchią charkowską i achtyrską, od 1862 jako arcybiskup. Był zaangażowany w opracowywanie projektu reformy rosyjskich szkół teologicznych; uważał, że powinny mieć one możliwość w pełni swobodnego rozwoju. W 1869 opracował nowy regulamin wewnętrzny Akademii Duchownych. W 1868 został przeniesiony na katedrę wileńską i litewską, a równocześnie włączony do składu Świątobliwego Synodu Rządzącego. Jedenaście lat później objął katedrę moskiewską, na której pozostał do śmierci w 1882. Pochowany został w soborze Zaśnięcia Matki Bożej w kompleksie Ławry Troicko-Siergijewskiej.
Dorobek naukowy Makary (Bułgakow) zajmował się naukowo teologią dogmatyczną, homiletyką oraz historią Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. W 1849 opublikował pięciotomową syntezę z zakresu teologii dogmatycznej („Bogosłowije dogmaticzeskoje”), która nadal (na pocz. XXI w.) w wersji pełnej i skróconej służy jako podręcznik teologii prawosławnej.