Jednocześnie był rozpatrywany jako kandydat na kierownika katedry w okupowanym Strasburgu lub Krakowie. Z Krakowa dotarł z wojskiem Wehrmachtu aż do Dniepru. Wiosną 1942 roku został przeniesiony do szpitala lotnictwa w celu leczenia urazów mózgu i rdzenia kręgowego w Berlinie-Reinickendorf. Tam pracował nad odwracalnością afazji poprzez treningWolfgang Höpker: In memoriam Hans-Werner Janz. Corpszeitung der Albertina 2005, s. 116–127. Wkrótce został zwolniony z Wehrmachtu i mógł kontynuować służbę w klinice w Lipsku i prowadzić wykłady z psychiatrii sądowej.
Po bezwarunkowej kapitulacji Niemiec Janz został na krótko uwięziony ze względu na przynależność do NSDAP. Po zwolnieniu został powołany do Rady Doradczej Psychiatrii Centralnego Zarządu Opieki Zdrowotnej w Berlinie. Od 1952 był profesorem w Hamburgu, od 1968 wykładał na uczelni medycznej w Hanowerze.
Był autorem 116 publikacji, ostatnie 13 napisał na emeryturze. Janz zajmował się m.in. psychopatologią postaci historycznych, w tym między innymi Odyseusza , Agamemnona i Adolfa Hitlera.