Kampania wrześniowa Podczas kampanii wrześniowej opuścił Poznań. 6 września 1939 został powołany na stanowisko naczelnego kwatermistrza rządu. 17 września 1939 na moście granicznym na Czeremoszu w Kutach zastąpił drogę Naczelnemu Wodzowi Edwardowi Śmigłemu-Rydzowi, zamierzającemu opuścić kraj. Wobec fiaska perswazji w proteście targnął się na swoje życie. Próba okazała się nieudana, ciężko ranny Bociański został przewieziony do Rumunii, gdzie został internowany. Po okresie internowania, przedostał się do zachodniej Europy. Pomimo prób, nie uzyskał przydziału do Polskich Sił Zbrojnych.
Dalsze losy W 1947 osiadł w Wielkiej Brytanii. Podczas życia na emigracji nie angażował się w życie polityczne kręgów emigracyjnych, ale utrzymywał kontakty z organizacjami kombatanckimi i pisał artykuły okolicznościowe. Przekazał bibliotece Polskiego Towarzystwa Naukowego na Obczyźnie kilkadziesiąt tomów wydawnictw naukowych z zakresu filologii polskiej, antropologii, archeologii i historii wojskowości.