29 czerwca 1929 przyjął święcenia kapłańskie we Freisingu, a następnie został mianowany wykładowcą homiletyki i prefektem seminarium duchownego w miejscowym seminarium.
Uniwersytet w Pasawie Po tych pierwszych szlifach w nauczaniu akademickim został powołany 16 kwietnia 1932 roku na Uniwersytet Filozoficzno-Teologiczny w Pasawie. Egenter otrzymał tam katedrę teologii moralnej. W 1933 podpisał Deklarację lojalności profesorów niemieckich uniwersytetów i szkół wyższych wobec Adolfa Hitlera i państwa narodowosocjalistycznego (). Dalej pozostawał aktywnie zaangażowany w działalność w ruchach studenckich. W Pasawie wykładał do zamknięcia uniwersytetu w dniu 6 września 1939. Jego plany przejścia do Kapituły Katedralnej w Pasawie nie powiodły się, tak jak również kontynuowania pracy duszpasterskiej w diecezji, gdyż nie został inkardynowany do diecezji Pasawy. Początkowo nauczał religii w katolickiej szkole żeńskiej (Schule der Englischen Fräulein in Passau-Niedernburg), z której wkrótce został zmuszony do odejścia z powodu donosu. Powodem było organizowanie co tydzień mszy świętych w szkole, co było wówczas niedozwolone, i solidarna odmowa całej dziewiątej klasy wstąpienia do Hitlerjugend.