Uczniowie zamieszkiwali w 3 salach, które były jednocześnie sypialniami. Każde łóżko w sypialni oddzielała zasłona. W przeciwieństwie do innych pomieszczeń, które były ogrzewane ciepłym powietrzem z centralnego ogrzewana, to sypialnie wyposażone były w piecyki typu „koza”. Woda do konwiktu została podłączona w ostatniej dekadzie XIX w., po oddaniu w mieście nowej sieci wodociągowej.
Prefekci Konwiktem kierował prefekt mianowany przez biskupa w porozumieniu z kapitułą. Kapituła nadzorowała też, poprzez kanoników konserwatorów, działalność konwiktu oraz prefekta. Prefektami zostawali przeważnie młodzi, zdolni księża, którzy często później dochodzili do znaczących pozycji w Kościele lub na uczelniach, np. pierwszy prefekt w nowo wybudowanym konwikcie biskupim ks. Michael Krüger (1843–1848) już w 1844 habilitował się jako wykładowca nieetatowy (privatdozent) na Wydziale Teologicznym w Braniewie;