prace Zur assyrischen und allgemeinsemitische Grammatik i Assyrische Gebete an den Sonnengott für Staat und königliches Haus aus der Zeit Asarhaddons und Asurbanipals.
W 1894 parlament norweski przyznał mu stypendium państwowe na kontynuację studiów z zakresu asyrologii i podróże do miejsc, do których trafiły tabliczki odkryte w Tell el-Amarna. Stypendium łączyło się z obowiązkiem prowadzenia wykładów. Stypendium było corocznie odnawiane do 1907 roku, kiedy to Knudtzon uzyskał nominację na profesora nadzwyczajnego.
W 1894 roku Knudtzon został członkiem norweskiego towarzystwa naukowego.
Badania nad tekstami z Tell el-Amarna thumb|240px|Jedna z tabliczek z tekstem klinowym (EA 299) odkrytych w Tell el-Amarna, Muzeum Brytyjskie W okresie 1895–1897 Knudtzon prowadził pogłębione badania tabliczek zapisanych pismem klinowym odkrytych w Tell el-Amarna w Egipcie, które stanowiły archiwum listów, zawierające zbiór korespondencji dyplomatycznej Egiptu z sąsiednimi państwami. Owocem tych badań była dwutomowa praca Die El-Amarna-Tafeln mit Einleitung und Erläuterungen wydana w latach 1905–1915, w której Knudtzon zawarł transkrypcje i tłumaczenia tekstów klinowych. Knudtzon opracował wszystkie znane wówczas tabliczki z Tell el-Amarna poza tymi zakupionymi przez C. Murcha i M. Chassinata, które znalazły się w Stanach Zjednoczonych.