Dla badanych tabliczek wprowadził system numeracji – do numeru 358 – który nadal pozostaje standardem. Numeracja ta była kontynuowana przez Ansona Rainey’a (1930–2011) dla kolejnych 21 tabliczek, których teksty opublikował w 1970 roku (EA 359–379). Dzieło Knudtzona do dziś uznawane jest za jedno z najwybitniejszych osiągnięć w dziedzinie asyriologii. Zostało wydane ponownie w 1964 roku.
Wśród listów z Tell el-Amarna, Knudtzon jako pierwszy odkrył, że dwa z nich nie zostały spisane w języku semickim – EA 31 i EA 32. Przy wsparciu norweskich językoznawców Sophusa Bugge (1833–1907) i Alfa Torpa (1853–1916), uznał, że listy te zostały spisane językiem indoeuropejskim. Listy i wyniki swoich badań opublikował w pracy Die zwei Arzawa Briefe: Die ältesten Urkunden in Indogermanischer Sprache w 1902 roku. Jego tezy nie zyskały szerszego poparcia w środowisku badaczy. Dopiero późniejsze badania potwierdziły jego twierdzenia, a Bedřich Hrozný (1879–1952) potwierdził w 1917 roku, że listy zostały spisane w języku hetyckim.
Knudtzon zmarł po długiej chorobie 7 stycznia 1917 roku w Kristianii.