W 1994 roku pilot doświadczalny W.W. Archipenko oblatał samolot M-55 ze znakami rejestracyjnymi RA-55204. Maszyna była latającym laboratorium służącym do badania składu i struktury górnych warstw atmosfery w różnych regionach świata. W tym samym roku została zaprezentowana na Berlin Air Show, przeprowadzono również wtedy badania warstwy ozonowej. W 1996 roku prowadzono badania warstwy ozonowej nad Arktyką. Loty były wykonywane również nad Europą (Włochy, Niemcy, Finlandia i Szwajcaria). Samolot był też używany do testowania występowania oblodzenia konstrukcji na wysokościach rzędu 20-21 tys. metrów, przy temperaturze dochodzącej do -83° C. thumb|left|M-55 podczas pokazów MAKS-2001|alt=M-55 na MAKS-2001 29 maja 1995 roku rozbił się samolot M-55 ze znakami RA-01552, w wyniku katastrofy zginął Eduard Czełcow. 13 listopada 1998 roku doszło utraty egzemplarza w wariancie rozpoznawczym (RF-55205). Pilot, Władimir Pawłowicz Czkałow, zdołał wyskoczyć ze spadochronem. Zdolny do lotu pozostał tylko jeden egzemplarz M-55 ze znakami RA-55204. Maszyna ta jest wykorzystywana od 1997 roku do badań geofizycznych. We wrześniu 1999 roku samolot brał udział w międzynarodowym programie Airborne Polar Experiment-Geophysica Aircraft In Antarctica (APE-GAIA), związanym z badaniem dolnych warstw stratosfery nad Antarktydą.