W marcu 1918 r. Dybienko, razem z lewicowymi eserowcami i tzw. lewicowymi komunistami Aleksandrą Kołłontaj, Władimirem Smirnowem i Walerianem Obolenskim odszedł z rządu. Na proces przed trybunałem rewolucyjnym w sprawie swojej postawy pod Narwą oczekiwał w Samarze. Jego rozprawa odbyła się w maju 1918 r. Ostatecznie, dzięki wstawiennictwu żony Aleksandry Kołłontaj i poparciu ze strony marynarzy, został uniewinniony (uznano, iż jego działania tłumaczył brak kompetencji wojskowych)., jednak na kilka lat stracił znaczącą pozycję wśród przywódców rewolucyjnej Rosji. Usunięto go nawet z partii bolszewickiej.
Działalność na Ukrainie Podczas ofensywy wojsk radzieckiego Frontu Południowego na Ukrainę, rozpoczętej na przełomie lat 1918 i 1919, Dybience powierzono dowodzenie 1 Dywizją Zadnieprzańską. 27 stycznia po kilkudniowych walkach zdobył Jekaterynosław. Jego dywizji podlegały oddziały anarchistów Nestora Machny, które po zawarciu porozumienia z bolszewikami zostały do niej włączone jako 3 brygada (następnie włączono je w skład Frontu Południowego), a także oddziały atamana Hryhorjewa, jako 1 brygada.