W kwietniu 1919 r. siły pod dowództwem Dybienki opanowały Krym, gdzie proklamowana została Krymska Socjalistyczna Republika Radziecka. Dybienko został w niej komisarzem spraw wojskowych i morskich oraz dowódcą Krymskiej Armii Czerwonej. Dowodzone przez niego siły brały udział w stłumieniu buntu Hryhorjewa. 1 kwietnia dowodzona przez Dybienkę Dywizja Zadnieprzańska włączyła się do bitwy o Donbas, opanowała Mariupol i zbliżyła się na odległość 30–40 km od TaganroguRed. M. Suprunenko i inni, Istorija Ukrajinśkoji RSR. Tom p’jatyj: Wełyka Żowtnewa socialistyczna rewolucija i hromadianśka wijna na Ukrajini (1917–1920), Naukowa Dumka, Kyjiw 1977, s. 412., jednak już trzy dni później została zmuszona do wycofania się przez jednostki białej kawalerii gen. Władimira Maj-Majewskiego. W czerwcu 1919 r. Dybienko należał do rady kierującej obroną republiki krymskiej przed atakiem białych Sił Zbrojnych Południa Rosji, które 12 czerwca wysadziły na półwyspie desant. Czerwoni ponieśli klęskę i musieli ewakuować się z Krymu.