Grzyby przynoszą korzyści większości roślin, tłumiąc choroby korzeni roślin, atakując patogeny roślinne enzymami grzybowymi. Grzyby wykorzystują również antagonizm w celu ograniczenia konkurencji, wytwarzając przeciwciała, które hamują rozwój innych mikroorganizmów. Wytwarzają wiele witamin, które wspomagają wzrost roślin. Konkurując z innymi grzybami o składniki odżywcze, pożyteczne grzyby zapobiegają zadomowieniu się organizmów chorobotwórczych.
Grzyby saprotroficzne Stanowią ważną grupę grzybów glebowych. Są to grzyby, które rozkładają martwą materię organiczną w biomasę grzybów (tj. masę własnego ciała), przy okazji wytwarzając dwutlenek węgla i kwasy organiczne. Wchłaniając składniki odżywcze zawarte w materii organicznej, odgrywają ważną rolę w unieruchomieniu i zatrzymaniu ich w glebie. Kwasy organiczne, które wytwarzają jako produkty uboczne, pomagają tworzyć materię organiczną odporną na degradację. Materia ta jest później uwalniana po śmierci grzybów i lizie lub wskutek ataku patogenów lub zjedzenia przez zwierzęta.