Przed 1939 uczestniczył w ćwiczeniach dla rezerwistów w Wilnie, został awansowany do stopnia kapitana.
Po wybuchu wojny dotarł do Wilna. Na teren powiatu łomżyńskiego wrócił na początku września 1941 roku. Zamieszkał w gospodarstwie Konstantego Dąbrowskiego w Kossakach, gdzie znalazł zatrudnienie przy pracy na roli. W latach 1942–1943 był w strukturach Narodowej Organizacji Wojskowej. Miał wysoką pozycję w konspiracji. Od jesieni 1943 roku był strukturach białostockiego okręgu Narodowych Sił Zbrojnych, używając pseudonimów „Woliński” i „Kalina”. Od 14 września 1943 roku objął funkcję zastępcy komendanta okręgu, ale przebywał poza jego terenem operacyjnym. Stanowisko utracił 1 kwietnia 1944 roku. 1 czerwca 1944 roku został awansowany do stopnia majora. 6 czerwca 1944 roku Nestorowicz został mianowany zastępcą komendanta Okręgu NSZ Białystok, liczącego 6256 żołnierzy. W 1945 roku awansowany do stopnia podpułkownika. Pozostawał aktywny w strukturze NSZ. Był za scaleniem NSZ z Armią Krajową. W wyniku sytuacji konfliktowej spowodowanej procesem formowania nowego okręgu NZW Białystok Nestorowicz w lecie 1945 roku zerwał kontakty organizacyjne i opuścił Białostocczyznę.