W The Citizens Francuz szybko stał się gwiazdą. Zdobył zaufanie trenera i wywalczył sobie miejsce w podstawowym składzie zespołu. Wraz z kolegami z drużyny nie osiągnął jednak większych sukcesów. Dla Manchesteru piłkarz rozegrał 103 mecze w których zdobył 46 goli.
Fenerbahce S.K. W styczniu 2005 roku Anelka przeszedł za siedem milionów funtów do Fenerbahce Stambuł. Francuz pomógł swojemu klubowi zdobyć mistrzostwo Turcji w sezonie 2004/05. Latem pojawiły się spekulacje na temat tego, że Anelka powróci do Premier League, aby reprezentować Newcastle United. Ostatecznie transfer nie doszedł do skutku, a Anelka pozostał w Fenerbahce i w sezonie 2005/06 grał z tym klubem w fazie grupowej Ligi Mistrzów.
W trakcie zimowego okienka transferowego 2006, Harry Redknapp, ówczesny manager Portsmouth FC był skłonny zapłacić 8,2 miliona funtów za wypożyczenie francuskiego snajpera na Fratton Park, jednak działacze tureckiej drużyny, nie zgodzili się na transfer.