Po śmierci Pitirima został w 1674 wybrany na jego następcę. Jako patriarcha dążył do wzmocnienia pozycji Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego w państwie. Doprowadził do poprawy stanu materialnego Kościoła, dbał o moralność duchowieństwa i jednolitość obrzędów sprawowanych w całym kraju. Zablokował natomiast sugerowaną przez cara Fiodora III radykalną reformę administracyjną Cerkwi. W dobrych relacjach z carem pozostawał do schyłku jego życia, gdy obaj poróżnili się z powodu odmiennych wizji przyszłości kraju.
Przyczynił się do wprowadzenia na tron po śmierci Fiodora III jego przyrodniego brata Piotra, z pominięciem starszego od niego, chorego Iwana. Po buncie strzelców musiał jednak pogodzić się z ustanowieniem regencji Zofii Romanowej w imieniu carów „starszego” (Iwana) i „młodszego” (Piotra). Początkowo blisko współpracował z regentką, z czasem zaczął krytycznie odnosić się do jej polityki kulturalnej i zagranicznej i poparł jej odsunięcie od władzy w 1689.