Przez całe życie Joachim ostro krytykował przenikanie do Rosji zachodnich zwyczajów, napływ cudzoziemców, postulował wprowadzenie całkowitego zakazu kontaktów prawosławnych z osobami innych wyznań. Rozpowszechniał koncepcję Rosji jako państwa uświęconego, w którym car i Kościół wspólnie działają dla dobra wiary. W porozumieniu ze świeckimi władzami zwalczał ruch staroobrzędowy, doprowadzając do spalenia na stosie jego pierwszego przywódcy Awwakuma Pietrowa i wprowadzenia w Rosji kary śmierci dla starowierców odmawiających wyrzeczenia się swoich przekonań religijnych. Również w okresie sprawowania przez niego urzędu patriarchy do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego włączona została prawosławna metropolia kijowska.
W okresie sprawowania przez niego urzędu patriarchy w Moskwie powstała szkoła teologiczna greckich mnichów Sofroniusza i Joannicjusza (Lichudów), przybyłych na zaproszenie Joachima z Konstantynopola. Patriarcha uniemożliwił natomiast utworzenie szkoły o programie zbliżonym do uniwersytetów zachodnich, z obowiązkową nauką łaciny;