W tym samym roku doszło do otwartego konfliktu między carem Aleksym I i patriarchą moskiewskim i całej Rusi Nikonem. W jego rezultacie Nikon opuścił w lipcu 1658 r. Moskwę i zamieszkał w zbudowanym na swoje polecenie monasterze Nowe Jeruzalem. Pitirim był świadkiem demonstracyjnego porzucenia przez patriarchę swoich obowiązków. Nikon ogłosił bowiem odejście z urzędu podczas Świętej Liturgii, którą współsłużył z nim Pitirim. To metropolita kruticki poinformował Aleksego I o zajściu.
Zarządzanie Kościołem, za zgodą Nikona, przeszło w ręce metropolity Pitirima, chociaż patriarcha formalnie nie zrzekł się tytułuZarząd Patriarchatu Moskiewskiego przechodził automatycznie w ręce metropolity krutickiego w przypadku śmierci patriarchy lub jego nieobecności w Moskwie. Por. . Jako strażnik tronu patriarszego Pitirim był częstym gościem na carskim dworze. W 1660 r. metropolita Pitirim z polecenia cara zwołał nowy sobór, podczas którego biskupi zgodzili się, że konieczny był wybór nowego patriarchy. Zgodzili się też, by strażnikiem tronu patriarszego do czasu elekcji pozostał Pitirim. Po soborze metropolita kruticki podczas sprawowanych nabożeństw przestał wspominać imię Nikona w momentach, gdy powinien modlić się za zwierzchnika swojej Cerkwi.