W 1662 r. Nikon obłożył Pitirima ekskomuniką, twierdząc, że metropolita kruticki bezprawnie zorganizował w 1659 r. Moskwie tradycyjny przejazd na ośle w święto Wjazdu Chrystusa do JerozolimyPrzejazd patriarchy na ośle przez miasto symbolizował wjazd Chrystusa do Jerozolimy i był tradycyjnym elementem obchodów Niedzieli Palmowej w Moskwie. Nikon był zdania, że jedynie patriarcha miał prawa do uczestnictwa w nim, zaś pełniący jego obowiązki tymczasowo Pitirim nie powinien był go zastępować. Por. . Mimo ekskomuniki Pitirim nadal pełnił dotychczasowe obowiązki. Drugą przyczyną nałożenia klątwy kościelnej był fakt, iż w 1660 r. metropolita Pitirim przeprowadził chirotonię biskupa mścisławskiego Metodego, czego według kanonów również nie powinien był czynić. Rzucona na metropolitę krutickiego klątwa wywołała w 1662 r. protesty części wyższego duchowieństwa. Metropolita Pitirim w odpowiedzi skierował list do cara, w którym oceniał klątwę jako bezpodstawną. Car rozesłał wówczas do pozostałych biskupów zapytania o kanoniczność działań Pitirima. Hierarchowie w odpowiedziach skarżyli się na samowolę patriarchy Nikona, a samą klątwę uznali za nieważną. Sam Pitirim w liście do władcy nie formułował podobnych zarzutów.