Kwestia staroobrzędowców Po wyborze i intronizacji Joazafa II sobór kontynuował swoje prace, analizując treść reform liturgicznych patriarchy Nikona i opracowując ostateczne stanowisko Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego wobec ich przeciwników. Patriarcha moskiewski i całej Rusi nie miał jednak praktycznie żadnego wpływu na jego decyzje, jedynie honorowo przewodniczył niektórym sesjom. Obrady zdominowali zaproszeni na sobór przez cara patriarchowie aleksandryjski Paisjusz oraz antiocheński Makary III, jak również towarzyszący im hierarchowie greccy. Sobór, który potępił wcześniej Nikona i pozbawił go wszystkich godności kościelnych, w dniu 13 maja 1667 uznał jego reformy za ważne, ogłosił stare obrzędy herezją i obłożył staroobrzędowców klątwą. Rosyjski Kościół Prawosławny nie tylko stwierdził, że wszyscy zwolennicy liturgii sprzed reform podlegają anatemie, ale i polecił przekazywać ich sądom świeckim, zgadzając się tym samym na ich prześladowania przez władze świeckie, czy wręcz zachęcając do nich. Treść postanowień soborowych została opracowana przez hierarchów greckich. Biskupi rosyjscy nie protestowali, przerażeni losem metropolity krutickiego Pawła oraz arcybiskupa riazańskiego Hilariona.