W 1991 roku ostatecznie zakończono budowę pierwszego odcinka (jego budowę rozpoczęto w 1984). Czas budowy pokrył się z okresem przebudowy Dworca Głównego. W 1994 roku w oparciu o Plan Ogólnego Zagospodarowania Miasta Krakowa zrezygnowano z koncepcji metra na rzecz szybkiego tramwaju miejskiego. Prace zostały wznowione w 1995 i w 1999 roku oddano kolejny, 605-metrowy odcinek tunelu pod ul. Aleksandra Lubomirskiego.
Realizację inwestycji wznowiono w 2004 roku, po rozstrzygnięciu przetargu na jej ostateczne dokończenie, który wygrało tureckie przedsiębiorstwo Güriş. W podobnym czasie wokół Dworca Głównego rozpoczęto realizowanie wielu innych przedsięwzięć, takich jak budowa Dworca Autobusowego MDA oraz Galerii Krakowskiej, pod którą miał przebiegać kolejny odcinek tunelu.
Wiosną 2005 roku przedsiębiorstwo Güriş zrezygnowało z kontynuowania inwestycji w atmosferze skandalu. Przedsiębiorstwo pozostawiło za sobą niedokończony tunel. Prace nad inwestycją zawieszono. Dokończeniem budowy tunelu w następstwie działań Agencji Rozwoju Miasta zajęło się konsorcjum Budimex-Dromex SA, Budostal 5, a także Grupa ZUE. We wrześniu 2006 tunel w większości był już gotowy w stanie surowym. Proces instalacji torowiska w tunelu ruszył w 2007 roku.