Od 1630 do 1639 był prawdopodobnie przełożonym monasteru św. Nikity w Peresławiu Zaleskim, z godnością ihumena. W 1639 otrzymał godność archimandryty i został przełożonym Monasteru Simonowskiego w Moskwie. Podobnie jak większość rosyjskiego duchowieństwa swojej epoki, nie posiadał wykształcenia teologicznego, miał jednak dobrą orientację w literaturze duchownej.
Patriarcha Wybór na patriarchę Sobór, który wybrał Józefa na patriarchę moskiewskiego i całej Rusi, został zwołany półtora roku po śmierci patriarchy Joazafa I w marcu 1642. Nie jest jasne dlaczego na najwyższym urzędzie w Rosyjskim Kościele Prawosławnym tak długo trwał wakat. Jako oficjalną przyczynę zwłoki car i jego otoczenie podawali szczególną dbałość o to, by nowy patriarcha był osobą godną swojego urzędu. Zdaniem Daniela Shubina jej powodem było raczej dążenie cara do tego, by znaleźć kandydata, który podobnie jak zmarły Joazaf będzie zajmował się wyłącznie sprawami Kościoła i bez dyskusji akceptował decyzje władz świeckich. Car Michał Romanow chciał uniknąć powtórzenia się sytuacji z okresu, gdy urząd patriarchy sprawował jego ojciec Filaret (Fiodor Nikitycz Romanow). Będąc oficjalnie koregentem, Filaret de facto decydował osobiście o najważniejszych sprawach państwa.