W soborze w marcu 1642 wzięła udział jedynie połowa uprawnionych do przybycia. Spośród hierarchów cerkiewnych stawiło się trzech metropolitów (na czterech) i dwóch arcybiskupów (na siedmiu). De facto sobór nie był uprawniony do przeprowadzenia ważnych wyborów. Nowy patriarcha został wybrany drogą losowania. Car Michał Romanow sam wskazał sześć imion kandydatów i przesłał karty z nimi soborowi. Wskazał w ten sposób następujących duchownych: arcybiskupów suzdalskiego Serapiona oraz astrachańskiego Pachomiusza, jak również czterech przełożonych szczególnie znaczących monasterów – archimandrytę Józefa z Monasteru Simonowskiego, ihumenów Marcelego z Monasteru Sołowieckiego, Jonasza z monasteru Objawienia Pańskiego w Moskwie, Makarego z Monasteru Świętogórskiego w Pskowie. Zebrani biskupi podzielili je na dwie grupy, po trzy karty, z których wylosowali po jednej. Następnie ponownie wybrali jedną z nich i przekazali carowi. W ten sposób spośród wskazanych kandydatów wybrany został Józef. Nastąpiło to 20 marca 1642. Zdaniem W.