Miało to symbolizować jego oddalenie od problemów polityki państwowej.
W momencie wyboru na patriarchę Józef był już w podeszłym wieku, przez co nie mógł odgrywać znaczącej roli w polityce państwa. Bezpośrednio po intronizacji hierarcha wydał pouczenie kierowane do duchowieństwa i wiernych, podzielone na trzy rozdziały (I i III adresowany do kapłanów, II – do wiernych). Tekst ten zawierał fragmenty starszych pism podobnego rodzaju autorstwa metropolity kijowskiego Cyryla II i innych hierarchów, jak również ustępy oryginalne.
Polemika z duchownymi luterańskimi W 1643 patriarcha, razem z carem, zażądał od duńskiego księcia Waldemara ponownego chrztu w obrządku prawosławnym przed planowanym ślubem z córką cara Iriną Michajłowną Romanową. Według D. Shubina uczynił to wbrew wcześniejszym ustaleniom. Michał Romanow prosił go jedynie o modlitwę w intencji powodzenia rozmów dotyczących zaaranżowania małżeństwa, zaś księciu obiecał, że nie będzie oczekiwał od niego zmiany wyznania. Car poparł jednak stanowisko patriarchy. Andriej Bogdanow twierdzi, że patriarcha od początku działał z carskiej inspiracji. Józef skierował do Waldemara dwa listy, w którym starał się przekonać go do teologicznej słuszności nauczania Cerkwi.