Pietruszki nietypowa dla tradycji Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego procedura wyboru wynikała z faktu, że car Michał Romanow nie obawiał się zdominowania władzy świeckiej przez duchowną i dlatego nie wyznaczył osobiście kandydata na urząd patriarchy.
21 marca 1642 sobór biskupów oficjalnie nominował archimandrytę Józefa na nowego patriarchę, zaś 27 marca 1642 miała miejsce uroczysta intronizacjaRyt intronizacji zawierał tradycyjne powtórzenie obrzędu chirotonii biskupiej, jednak w przypadku Józefa było to faktyczne nadanie godności biskupiej, które musiało poprzedzać objęcie obowiązków patriarchy.. Większość uczestników soboru nie wyraziła zastrzeżeń co do faktu powierzenia najwyższego urzędu w Kościele duchownemu, który nie był wcześniej nie tylko metropolitą, ale nawet biskupem. Wyjątkiem był tu jedynie arcybiskup astrachański Pachomiusz.
W czasie ceremonii władca podkreślił niższą pozycję władzy cerkiewnej względem carskiej, odmawiając pocałowania jego ręki i kłobuka, co zgodnie z tradycją powinien był uczynić. Również w czasie uroczystego obiadu na cześć nowego patriarchy nie zajął on miejsca bezpośrednio obok cara, lecz w dalszej odległości.