W Moskwie Ignacy zamieszkał w miejscowej kolonii Greków. Przez prawosławnych hierarchów rosyjskich został przyjęty sceptycznie – w ocenie Rosjan jedynie ich państwo zachowało pełnię prawdziwej wiary (Święta Ruś), zaś przybysze z zagranicy, nawet wyznania prawosławnego, nie byli w tej kwestii do końca godni zaufania. Stopniowo jednak pozycja Ignacego w otoczeniu patriarchy Hioba wzrastała. W 1603 lub 1605 został mianowany metropolitą riazańskim i muromskim.
Współpraca z Dymitrem Samozwańcem right|thumb|Dymitr Samozwaniec I Ignacy jako pierwszy rosyjski biskup prawosławny uznał Dymitra Samozwańca I za prawdziwego carewicza Dymitra; uczynił to po tym, gdy po jego stronie była już większość bojarów i wojska. W czerwcu 1605 wyjechał na spotkanie wojsk Samozwańca do Tuły i motywowany nadziejami na szybki awans w hierarchii cerkiewnej złożył mu przysięgę na wierność, po czym wezwał innych do uczynienia tego samego. Ignacy wziął udział w triumfalnym wjeździe Samozwańca do Moskwy, w czasie którego był już witany jak pełnoprawny patriarcha, chociaż przy życiu pozostawał kanonicznie wybrany na ten urząd w 1589 Hiob. Cztery dni po wjeździe do Moskwy, 24 czerwca 1605, Dymitr Samozwaniec zażądał od soboru biskupów formalnego ogłoszenia Ignacego nowym zwierzchnikiem Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego.