Razem z innymi biskupami prawosławnymi Ignacy wszedł w skład Dumy Bojarskiej, zreformowanej przez Dymitra Samozwańca, na wzór polskiego Senatu. Wśród senatorów patriarcha zajmował honorowe pierwsze miejsce. Zaliczał się do bliskich doradców Dymitra Samozwańca. Równocześnie nie wszyscy duchowni rosyjscy uznali go za prawowitego zwierzchnika Kościoła. Ci, którzy otwarcie kwestionowali jego prawa do objęcia tronu patriarszego, byli zsyłani do odległych monasterów.
Ignacy był świadkiem spotkania Dymitra z „matką” – mniszką Martą (w życiu świeckim Marią Nagoj, ostatnią żoną Iwana Groźnego), zaś 18 lipca 1605 Ignacy uczestniczył w uroczystym wjeździe do Moskwy obojga. Tego samego dnia odprawił w patriarszym soborze Zaśnięcia Matki Bożej Świętą Liturgię, w czasie której dziękował Bogu za „zjednoczenie rodziny carskiej”. 30 lipca, z zachowaniem wszystkich rosyjskich tradycji, koronował Dymitra Samozwańca na cara.
9 maja 1606 Ignacy koronował Marynę Mniszchównę na carycę Rosji. Problem ślubu Dymitra i Maryny, wyznawczyni katolicyzmu, wzbudzał istotne kontrowersje w otoczeniu Samozwańca.