Zdaniem Shubina nie ma wątpliwości, że o wskazaniu Ignacego na nowego patriarchę Dymitr Samozwaniec zdecydował, kierując się jego greckim pochodzeniem.
30 czerwca Ignacy wydał list informujący o wstąpieniu na tron „prawowitego cara i wielkiego księcia Dymitra Iwanowicza”, objęciu przez siebie godności patriarchy, nakazał odprawianie molebnów w intencji cara i jego matki, mniszki Marty, by Bóg:
W tym samym czasie, według relacji kard. Borghese, miał już deklarować gotowość przystąpienia do unii kościelnej.
Patriarcha Ignacy, razem z innymi rosyjskimi hierarchami prawosławnymi, wszedł w skład Soboru zwołanego przez Dymitra Samozwańca w celu osądzenia spiskującego przeciwko niemu Wasyla Szujskiego i jego braci Dymitra i Iwana. Do niego i do innych biskupów Szujski zwrócił się o litość i wstawiennictwo u władcy. Nikt jednak z duchowieństwa nie poparł tej prośby. Sobór skazał Szujskiego na śmierć, zaś jego braci na wygnanie; ostatecznie wyrok śmierci został w ostatniej chwili zmieniony.