Do pacyfikacji zaangażowano funkcjonariuszy kolaboracyjnej policji pomocniczej Schutzmannschaft, w tym ukraińskiej, z Ratna, Kamienia Koszyrskiego, Małoryty, Dywina, Kowla, Zabłocia oraz kompanię 103 batalionu policyjnego z Maciejowa. Według Olchowskiego udział szucmanów ograniczał się do otoczenia wsi kordonem i wywożenia mienia. Niemcy wydali im jedynie po jednym naboju, co uzasadniono obawą przed „wywołaniem przypadkowej paniki”. W zbrodni nie brali udziału policjanci ukraińscy z posterunku w Kortelisach, których ewakuowano z rodzinami do Ratna.

Po zrabowaniu mienia zabudowania wsi zostały całkowicie spalone. Dzień zniszczenia Kortelisów zyskał miano „czarnej środy”.

Liczba ofiar i straty materialne Najczęściej podaje się, że w Kortelisach zamordowano 2875 osób. Taką liczbę wymienia tablica pamiątkowa na pomniku w Kortelisach, z zaznaczeniem, że obejmuje ona 1620 dzieci. Pojawiają się też liczby 2892 i 2992 zamordowanych.