Podzamcze w domu na Stradomiu umieszczono studium filozoficzno-teologiczne Zgromadzenia Księży Misjonarzy i podjęto starania, by dyplom uzyskiwany w nim miał również rangę państwową.
W 1909 r. władze krakowskiej prowincji Zgromadzenia Misji podjęły starania, aby uzyskać dla tego studium prawa szkół akademickich. Dwóch misjonarzy: ks. Wilhelm Michalski CM i ks. Franciszek Bączkowicz CM podjęło się trudu przeprowadzenia koniecznych zmian w dotychczasowym toku studiów.
Ks. Michalski, jako prefekt studiów misjonarskich, opracował raport, w którym wykazał, że program studium misjonarskiego jest zgodny z ustawami państwowymi obowiązującymi w Austrii w szkołach wyższych. Po pozytywnej opinii konsystorza krakowskiego, senatu akademickiego i Wydziału Teologicznego „cesarsko-królewskie Ministerstwo Wyznań i Oświaty z nakazu Jego Cesarskiej Mości Franciszka Józefa I, reskryptem z dnia 8 lipca 1910 roku zezwoliło na organizację klasztornego teologicznego zakładu naukowego Ks. Ks. Misjonarzy (Lazarystów) w Krakowie w celu kształcenia wychowanków do stanu kapłańskiego”.