Zatwierdzono jednocześnie plan nauk obowiązujących w Instytucie i wszystkich profesorów w nim wykładających bez wymagania egzaminów habilitacyjnych.
Po I wojnie światowej odpowiadając na prośbę ze strony Zgromadzenia i uzyskaniu aprobaty Ministra Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego Macieja Rataja, Marszałek Państwa Polskiego Józef Piłsudski zatwierdził w 1922 roku Instytut Teologiczny jako szkołę wyższą, którą umieszczono w wykazie obejmującym uniwersytety i szkoły wyższe, równorzędne uniwersytetom. Ministerstwo ponownie potwierdziło prawa Instytutu w 1929 roku.
Po II wojnie światowej w 1945 r. wizytator ks. Józef Kryska CM uzyskał ustne zapewnienie Ministra Oświaty Stanisława Skrzeszewskiego o uznaniu przez władze państwowe Polski Ludowej dotychczasowych praw Instytutu. Jednakże po wydaniu dekretu o organizacji nauki i szkolnictwa wyższego (28 października 1947 r.) nie potwierdzono tych praw, mimo czynionych starań. Od 1973 roku Instytut rozpoczął współpracę naukową z Papieskim Wydziałem Teologicznym, a od 1981 z Wydziałem Teologicznym Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie, dzięki czemu studenci Instytutu mogą zdobywać stopnie naukowe.